Francisco Giner de los Ríos y sus colaboradores en la ILE llegaron a la conclusión de que era imprescindible comenzar desde la escuela primaria y extender al resto de los niveles educativos ese proyecto reformador y sus nuevos métodos. Unos métodos que incluían la educación frente a la mera instrucción, el aprendizaje por la acción, el trabajo personal y creador por parte del alumno, la coeducación, la apertura de la escuela a la vida, a la naturaleza, al arte y al entorno social. La ILE fue un «laboratorio» de estas ideas y prácticas, a partir de las cuales promovió diferentes «ensayos de reforma». El primero, el Museo Pedagógico (1882) al que siguieron las escuelas de la Fundación Sierra-Pambley (1886) o la Extensión Universitaria de la Universidad de Oviedo (1898). En 1904 la Universidad de Madrid creaba la primera cátedra universitaria de Pedagogía, que ocupó el colaborador de Giner de los Ríos, Manuel Bartolomé Cossío. La influencia del proyecto renovador de la ILE se extendió durante las primeras décadas del siglo XX. Dentro de ese proceso desempeñó un papel crucial la Junta de Ampliación de Estudios con la dotación de ayudas para completar la formación en centros educativos y de investigación de Europa y Estados Unidos; la fundación de organismos como el Instituto Nacional de Ciencias Físico-Naturales, el Centro de Estudios Históricos y la Residencia de Estudiantes, y, finalmente, la creación en 1918 del Instituto-Escuela, último eslabón de esa cadena de proyectos innovadores.
