El I-E abrió sus puertas en octubre de 1918 en la madrileña calle de Miguel Ángel, donde comenzaron a funcionar los tres grados de la Sección Preparatoria y el primero de la Sección Secundaria. En los cursos siguientes se fueron abriendo nuevos grados de secundaria, hasta completar los seis previstos en el plan de estudios oficial, además de una Sección de Párvulos. Inspirado en los principios promovidos por la ILE, el Instituto-Escuela se caracterizó por una educación de carácter integral y cíclica: todas las enseñanzas se trataban en todos los grados, siguiendo un proceso de menos a más, tanto en contenidos como en métodos: observación directa de las cosas, experimentación y reflexión. Los libros de texto se sustituyeron por los cuadernos elaborados por los alumnos, donde plasmaban su trabajo dentro y fuera del Instituto–Escuela. Los trabajos manuales, los deportes, los idiomas, o la expresión artística también se consideraron esenciales en el proceso educativo. La formación del profesorado fue otro de los objetivos del I-E. Los aspirantes al Magisterio Secundario repartían su tiempo entre la práctica docente y la tarea educadora, la preparación científica en su especialidad en los laboratorios de la JAE, la formación pedagógica y el aprendizaje de idiomas. Muchos de esos profesores aplicaron después la experiencia y conocimientos adquiridos en el Instituto-Escuela en centros repartidos por todo el país, expandiendo así la influencia de la ILE.