La metodología pedagógica del colegio fomenta la educación integral del alumno. Se trata de una educación individualizada que se adapta el ritmo de cada estudiante, por lo que los profesores deberán conocer y actualizar los principios científicos del campo psicopedagógico. Es socializadora, con el fomento del trabajo en grupo como medio de desarrollo personal, e innovadora, pues integra los avances sociales y tecnológicos (igualdad de género, superación de violencia doméstica, igualdad de oportunidades, integración de las TIC en el aula y nuevos programas educativos…). Es una educación activa, esto es, el propio alumno construye su propio aprendizaje, siempre con la orientación cercana y personal del maestro, y sin la necesidad de estar sentado en un pupitre. Para ello las aulas se distribuirán en varias zonas de aprendizaje (conversación, juego simbólico, juegos lógico-matemáticos, etc.), que se irán modificando según los ciclos educativos. Además de estas aulas polivalentes los alumnos tienen acceso a salas específicas de informática, de música, de audiovisuales, de inglés. Se pone de manifiesto la importancia de la ciencia, y de adoptar una mentalidad científica frente a la superstición. El centro fue premiado por su apuesta digital.