Los principios metodológicos, que guían el quehacer diario en la escuela, son: individualización, por el que se posibilita el respeto a los intereses de cada alumno/a y que pueda trabajar a su propio nivel y ritmo; socialización: todas las actividades planteadas son contextos sociales, ya que en la interacción con los demás avanzamos y modificamos nuestros esquemas; actividad: mantener la mente activa, despierta, con iniciativa y curiosidad, capaz de tomar decisiones… “Que todo lo que el alumno/a pueda hacer por sí mismo no lo haga el profesorado”;  creatividad: es una capacidad de todo ser humano y se posibilita su desarrollo en todos las actividades escolares, para que cada alumno o alumna saque lo que lleva dentro y sea consciente de su singularidad, y libertad: o el derecho que cada cual tiene a elegir, pensar y manifestarse como es, sin invadir el derecho de los demás, respetando el límite social.

Desde estos principios se diseñan la estructura organizativa y las actividades curriculares que son la seña de identidad del Sistema Amara Berri: se programa a través de contextos sociales; se mezclan edades y programas de ciclo; la mediateca es la fuente de información, frente al libro de texto; todas las actividades tienen un para qué.